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基本上, 以同級固定相而言, 二者管柱應用差異不太, 唯GC-MS用的管柱, 其固定相流失率會低於GC用管柱.

例如: TR-WAX  & TR-WAXMS : 通常會在品名後加上MS表示其為MS用管柱, 以示區分, 尤其當檢測方法從GC 轉至GC-MS時,商品名加上MS的標記可方便選擇.

如, 原使用GC, 所用管柱為TR-WAX; 後儀器更改為GC-MS時,則建議挑選TR-WAXMS的管柱, 以降低管柱固定相的流失率.

因為固定相流失會污染檢測器, 如FID 或 MS.

一般GC檢測器較好清理; 而質譜清洗較麻煩費時, 故管柱的挑選上會建議使用管柱流失率較低的MS管柱.

若想拿原GC用管柱 ( 即品名後沒有MS者)到GC-MS使用也可以,只不過質譜的清洗可能會較頻繁.

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